Nació en el barrio Río Cañas, de Mayagüez, el 11 de enero de 1839. Fueron sus padres don Eugenio de Hostos y Rodríguez y doña Hilaria de Bonilla y Cintrón.

Tras haber cursado estudios primarios en la capital de su país natal, Eugenio María de Hostos viajó a España para completar su formación académica. Estudió en Bilbao y en Madrid, donde se licenció en Leyes. Convertido en adalid del independentismo antillano, Eugenio María de Hostos pronunció en el Ateneo de Madrid varias sonadas conferencias que quedarían plasmadas por Galdós en la novela histórica Prim (1906), perteneciente a la cuarta serie de sus Episodios nacionales. Confió en que la Primera República española (1873-1874) daría la libertad a su país, y abandonó España cuando vio frustradas sus esperanzas.

Empezó entonces para el ilustre puertorriqueño una vida de peregrinación, de propaganda, de lucha por sus ideales. Vuelto a Hispanoamérica, formó parte de la Junta Revolucionaria Cubana creada en Nueva York y dirigió su órgano periodístico,La Revolución. Posteriormente, Eugenio María de Hostos recorrió América del Sur propagando sus ideas liberales, dirigió en Venezuela el Colegio Nacional de Asunción y fundó en Santo Domingo la llamada Escuela Normal, para volcarse de lleno en una incesante actividad pedagógica (1879-1888) que luego extendió por Chile entre los años 1889 y 1899.

La preocupación de Eugenio María de Hostos por la ética quedó plasmada en el ensayo Moral social (1888), y su temprana vocación legalista, en Lecciones de Derecho Constitucional (1887). También es autor de tres ensayos: Biografía de Plácido (1872), Cartas públicas acerca de Cuba (1895) y Meditando (1909), obra póstuma que recoge su célebre ensayo sobre Hamlet. En el terreno de la creación literaria, Hostos dio a la imprenta en 1863 la novela simbólica titulada La peregrinación de Bayoán, donde dejó plasmados sus postulados independentistas. En 1939 se publicó su obra completa (20 volúmenes).

La Confederación de Estados Americanos, reunida en Lima en 1938, proclamó póstumamente "Ciudadano de América" a Hostos, apreciado todavía hoy como ilustre polígrafo y como el más brillante de los educadores de Hispanoamérica. Fue miembro de la Gran Logia Soberana de Puerto Rico, cuya sesión inaugural fue celebrada el 20 de septiembre de 1885, y en la masonería dominicana se tienen referencias de asistencia a tenidas en la Logia Esperanza no.9.

Eugenio María de Hostos murió en Santo Domingo, República Dominicana, el 11 de agosto del 1903; a la edad de 64 años. Su cuerpo está enterrado en el Panteón de los Héroes Nacionales en Santo Domingo siendo el único puertorriqueño en estar ahí. Su último deseo fue morir en Santo Domingo y que fuese llevado a Puerto Rico cuando su patria fuese libre.